På SEBE er der nedsat en Arbejdsmiljøgruppe bestående af institutlederen og en valgt medarbejderrepræsentant. Instituttets nuværende medarbejderrepræsentant er Knud Sinding. Arbejdsmiljøgruppen er en del af SDU's arbejdsmiljøorganisation.
Instituttets arbejdsmiljøgruppe arbejder på at løse konstaterede fysiske og psykiske arbejdspladsproblemer samt forebyggelse af arbejdsskader. På campus Esbjerg samarbejdes mellem flere arbejdsmiljøgrupper om brand- og bygningsforhold.
Hver tredje år foretages der gennem spørgeskemaundersøgelse en arbejdspladsvurdering.
Ved problemer omkring det fysiske arbejdsmiljø, kontakt 8888@sdu.dk
Ved problemer omkring det psykiske arbejdsmiljø, kontakt institutlederen eller den valgte medarbejderrepræsentant.