Medbestemmelse og medinddragelse fungerer side om side med den enstrengede ledelse, blandt andet ved, at medarbejdere og studerende kan deltage i drøftelser og kan give deres mening til kende og ad den vej søge at påvirke afgørelser i de forskellige kollegiale organer, samarbejds- og arbejdsmiljøudvalg, som er etableret på SDU. Som repræsentanter i disse organer er medarbejdere og studerende sikret medbestemmelse og medinddragelse. Retten til medbestemmelse og medinddragelse betyder ikke, at medarbejdere og studerende kan bestemme over sagens afgørelse helt eller delvist, men ledelsen skal inddrage udtalelser mv. i sit arbejde.
Det er ledelsens og bestyrelsens ansvar, at der sker en balancering af at universitetet har en enstrenget ledelse og at medarbejdere og studerende har medbestemmelse og skal medinddrages.