Den øverste leder på Det Naturvidenskabelige Fakultet er dekanen, som også er en del af universitetets direktion. Dekanen udgør sammen med prodekanen for uddannelse og sekretariatschefen fakultetets dekanat.
Fakultetets ledelsesgruppe består dekanen, prodekanen for uddannelse, sekretariatschefen og fakultetets institutledere.
Dekanatet og ledelsesgruppen understøttes administrativt af Det Naturvidenskabelige Fakultetssekretariat