SDUs arbejdsmiljøorganisation følger linjeledelsesstrukturen. På det decentrale niveau varetager arbejdsmiljøgruppen de daglige operationelle opgaver vedrørende sikkerhed og sundhed og bistår ledelse og medarbejdere i lokalområdet ved de konkrete arbejdsmiljøforhold.
Det centrale niveau udgøres af Hovedarbejdsmiljøudvalget, der varetager de overordnede strategiske opgaver vedrørende sikkerhed og sundhed herunder planlægge, lede og koordinere udvalgets samarbejde om sikkerhed og sundhed på SDU. Den centrale indsats understøttes af Fakultetsarbejdsmiljøudvalgene i de respektive hovedområder.
Arbejdsmiljøorganisationen fastlægges af Hovedarbejdsmiljøudvalget efter principperne i lokalaftalen og valgperioden er 3 år.